ー22世紀半ばー
従来の物資文明とそれを支えるエネルギー資源は限界を迎えていた時代。
「気」「エーテル」「プラーナ」「フリーエネルギー」……古来より人が直感のうちに感じ取っていた未知のエネルギーに、人々は文明転換の光明を見い出す。
それは『PSI』（Ψ:サイ=魂を意味するギリシア文字に由来）と呼ばれた。
隣接する余剰次元空間『INNER SPACE』から汲み上げられるその『PSI』は、次元を超越する情報素子であり、この4次元空間（空間3次元・時間1次元）、すなわち「現象界」の物理量に変換が可能であり、様々なエネルギーや物質を「現象界」に生み出すことが可能となる。
まさに「無」から「有」を生み出す「魔力」を人は手にしたのである。
『PSI』は瞬く間に新たな文明の根幹として位置づけられ、いつしかこの時代は『PSI』文明時代と呼ばれるようになっていた。
ついに究極のエネルギーとテクノロジーを手に入れた人類。
しかし、『INNER SPACE』とそこに「存在」する『PSI』について、人類は未だ無知に等しかった。
『PSI』利用に起因すると考えられる地震などの災害、関連施設の事故、また謎の多い心身の病。『PSI』文明が隆盛を誇る一方で、文明の闇ともいうべきPSI災害『PSID:PSI DISASTER』やPSI による心身病症『PSI シンドローム』もまたその脅威を増していた。
人類は未だこの脅威に対処する有効な手段を持たない……
日本に本部を置く国際連合の下部機関、『国際PSI災害研究機関』通称『IN-PSID: Institute of PSI Disaster 』は、この脅威に対処すべく、20年の歳月をかけ、余剰次元有人探索活動艇『PSI クラフト』＜アマテラス＞を開発。
＜インナーノーツ＞は、そのクルーとして＜アマテラス＞を駆り、『INNER SPACE』 に潜航し、脅威の解消に臨むのであった。